1141年（紹興十一年），金國在無力攻滅南宋的情況下，準備重新與宋議和。宋廷乘機開始打壓手握重兵的將領，尤其是堅決主張抗金的岳飛、韓世忠二人。完顏兀術在給秦檜的書信中說“必殺岳飛，而后和可成”。

四月，張俊、韓世忠、岳飛三大將被調離軍隊，到臨安樞密院供職。

五月，張俊在和岳飛巡視楚州韓世忠的軍隊時，暗中挑唆岳飛，欲一同分解此軍，卻遭飛嚴肅回絕。秦檜又欲陷害韓世忠，飛再次保全了韓。岳飛回朝后，即遭秦檜黨羽萬俟卨、羅汝楫的彈劾，誣蔑飛援淮西“逗留不進”、主張“棄守楚州”，要求免除岳飛樞密副使之職。八月九日，岳飛被罷樞密副使，充“萬壽觀使”的閑職，飛自請回到江州廬山舊居賦閑。

岳飛此時已無兵無權，但對他的迫害卻仍在步步緊逼。在秦檜授意下，張俊利用岳家軍內部矛盾，威逼利誘都統制王貴、副統制王俊先出面首告張憲“謀反”，繼而牽連岳飛。

張俊私設公堂，向張憲嚴刑逼供，毫無結果之下，竟捏造張憲口供“為收岳飛處文字謀反”。岳飛在江州居留，為時甚短，就接到宋廷命令，召他回“行在”臨安府。十月十三日，岳飛被投入大理寺（原址在今杭州小車橋附近）獄中，此前其長子岳云也已下獄。

岳飛義正詞嚴地面對審訊，并袒露出背上舊刺“盡忠報國”四大字，主審官何鑄見此，亦為之動容。何鑄查得岳案冤情，如實稟告秦檜。秦檜卻說：“此上（高宗）意也！”改命萬（mò）俟（qí）卨（xiè）主審此案。

萬俟卨用盡手段，也無法使岳飛三人屈招一字。飛寧死不自誣，乃至以絕食抗爭，經其子岳雷照顧，才勉強支撐下來。

十一月初七日，宋金“紹興和議”達成：由宋向金稱臣，將淮河以北的土地全部劃歸金國，并每年向金貢奉銀絹各二十五萬兩匹。

和議雖已達成，但岳飛始終未能被釋放。萬俟卨等逼供不成，為了坐實冤獄，又為岳飛羅織搜剔了所謂“指斥乘輿”、“坐觀勝負”等數條罪名，欲將飛一舉定為死罪。

大理寺丞李若樸、何彥猷以飛為無罪，與萬俟卨竭力爭議，均遭罷官處分。布衣劉允升上書為飛申冤，被下大理寺處死。已賦閑的韓世忠因岳飛入獄之事質問秦檜，檜回答：“飛子云與張憲書雖不明，其事體莫須有。”世忠忿然道：“相公，‘莫須有’三字，何以服天下？”

十二月廿九日（1142年1月27日），宋高宗下達命令：“岳飛特賜死。張憲、岳云并依軍法施行，令楊沂中監斬，仍多差兵將防護。”

當日，獄官一早就將處死岳飛的詔令告訴了岳飛。岳飛只留下八個絕筆字：“天日昭昭，天日昭昭！”岳飛沐浴完畢穿好衣服后，兩個獄卒用大鐵棍猛擊岳飛的兩肋，岳飛在慘叫聲中死去，時年39歲。等在外邊的萬俟卨隨即進來仔細查驗了一下尸體，確信死了之后才離開。

岳飛在大理寺獄中被殺害，宋代史料并無“風波亭”的記載。

按照規定，岳飛的尸體被就地埋葬在大理寺的墻角下，以防被人偷走。好心的獄卒隗順懷著悲憤的心情，深夜冒死偷偷挖出岳飛的尸體，又照原樣把原先埋葬的地方偽裝好。他背著尸身，流著眼淚，走出臨安城西北的錢塘門，偷偷將岳飛埋葬于九曲叢祠附近山麓的平地上，后在墳前種了兩棵橘子樹，以作標記，又于后來***的墓碑上詭稱為賈宜人墳。為了以后容易辨認，隗順在埋葬岳飛尸身時，將岳飛隨身帶的一個玉環放到岳飛的身體下邊。

張憲和岳雲則被綁赴臨安城的鬧市處斬，行刑時楊沂中親自監斬，張俊也親臨刑場。岳雲時年剛剛二十三歲，張憲年齡比岳飛小一些。兩個岳家軍的猛將，就這樣死在高宗和秦檜等投降派的屠刀之下。

楊沂中隨即將監斬的情況向秦檜做了匯報，秦檜隨即以奏疏的形式匯報高宗，兩人都松了一口氣。岳飛的死訊傳出，南宋百姓們都為之哭泣；消息傳到金國，金國大臣們為此酌酒慶賀，并說：“和議自此堅矣！”

死訊傳到岳飛府邸，岳飛妻子李娃表現得異常堅強。她知道自己已經是這個家庭唯的支柱，她沒有哭，一邊照顧年幼的孩子，一邊安排家人準備遠行必備的東西。岳飛和張憲兩人的家屬后被流放到嶺南和福建的荒郊原野，家產則被沒收。